Eskişehir Mevlevîhânesi’nin kuruluş tarihi ile ilgili en eski kayıtlar, Mevlânâ Müzesi Arşivinde bulunan ve 10 Ramazan 1293/28 Eylül 1876 tarihinde düzenlenen bir vakfiye suretine göre 10 Zilkade 979/25 Mart 1572 yılına kadar, Başbakanlık Osmanlı Arşivi Belgelerine göre ise, 956/1549-1550 yılına kadar uzanmaktadır. Mevlevîhânenin içinde bulunduğu Kurşunlu Camii'nin kitabesinde külliyenin Anadolu Beylerbeyi Çoban Mustafa Paşa tarafından yaptırıldığı ve yapımının 1525 yılında tamamlandığı belirtilmektedir.
Kurşunlu Camii ve Külliyesi Matrakçı Nasuh’un 1537 tarihli Eskişehir minyatüründe net olarak görülebilmektedir.